Klub se je vključil v uradna državna tekmovanja v okviru Nogometne zveze Slovenije takoj po svoji ustanovitvi in že v prvi sezoni osvojil naslov državnih prvakinj v kategoriji U-14. V kategoriji članic pa so se vidni rezultati pojavili z letom 2002, ko je bil klub tretji v prvenstvu, drugi v play-offu in drugi v Pokalu Slovenije. Državni vrh je ŽNK Krka prvič osvojil s člansko ekipo v sezoni 2002-2003 in doslej osvojil sedem naslov državnih prvakinj in pet naslovov zmagovalk Pokala Slovenije, poleg tega pa tudi pet naslovov državnih prvakinj v futsalu in še štiri naslove prvakinj v kategoriji U-17. Tudi v sezoni 2010-2011 ŽNK Krka po jesenskem delu vodi v državnem prvenstvu s sedmimi točkami prednosti.

Kot državne prvakinje so igralke ŽNK Krka prvič nastopile na evropski nogometni sceni leta 2003, v kvalifikacijah za UEFA Women's Cup in osvojile drugo mesto v skupini. Že v naslednjih kvalifikacijah, leta 2004, so Krkašice zmagale v težki kvalifikacijski skupini s prvakinjami Nizozemske, Islandije in Finske in se tako uvrstile med 16 najboljših ženskih nogometnih klubov v Evropi.

V sezoni 2008 -2009 se je evropski ženski nogometni pokal preoblikoval v evropsko žensko nogometno ligo prvakinj: UEFA Women's Champions League, v kvalifikacijah je ŽNK Krka nastopil v letu 2009 v skupini s prvakinjami Italije, Slovaške in Turčije, v kvalifikacijah 2010 pa v skupini s podprvakinjami Italije ter prvakinjami Walesa in Gruzije osvojil drugo mesto, vendar se je po najboljšem rezultatu drugo uvrščenih ekip uvrstil v nadaljnje tekmovanje v Ligi prvakinj med 32 najboljših ženskih nogometnih klubov v Evropi. Žreb je Krki namenil izrazito močnejšo ekipo švedskih državnih prvakinj Linköping FC, kar je pomenilo konec prve velike evropske preizkušnje že po dveh tekmah v prvem krogu tekmovanja Lige prvakinj.